W nawie głównej, przy ścianie po lewej stronie, na konsoli stoi barokowa figura św. Ludwika (fotografia po lewej). Dalej, w północnym transepcie znajduje się rokokowy boczny ołtarz św. Bartłomieja Apostoła (XVIII w.). Jego główny obraz (1867/68) przedstawia na wpół obnażonego św. Bartłomieja i trzech oprawców, z których jeden trzyma w ręce nóż (ilustracja po prawej).
Po bokach, na linii pilastrów, stoją wysmukłe boczne rzeźby dwóch aniołów, zwrócone ku ołtarzowi. Na kapitelach w zwieńczeniu znajdują się dwie rzeźby siedzących aniołków, zwróconych ku wizerunkowi Jezusa Chrystusa, nad którym umieszczony jest krzyż.
Rokokowy Ołtarz Św. Bartłomieja Apostoła, XVIII w.
Na ścianie północnej nawy, w narożniku transeptu, ustawiona jest późnobarokowa ambona (2 połowa XVIII w.) z obrazem "Chrystusa Dobrego Pasterza" (1777 r.) na zaplecku, postaciami Ewangelistów: św. Jana i św. Łukasza, umieszczonymi na parapecie korpusu, oraz rzeźbioną promienistą glorią z Gołąbkiem Ducha Świętego, okolonym chmurami - w zwieńczeniu.
Ambona, 2 poł. XVIII w., przed 1929 r. stała po lewej stronie przy wejściu do kaplicy Św. Mikołaja.
Do ciekawszych obiektów w kościele należą: osiemnastowieczny obraz "Pieta", malowany na desce (poniżej, po lewej), obraz na płótnie św. Marii Małgorzaty Alacque (XIX w.), radosne sceny (lewa strona nawy) - Zwiastowanie, Pokłon pasterzy, Pokłon trzech króli, Niedziela Palmowa - a także osiemnastowieczne figury św. Barbary i św. Agnieszki stojące we wnękach okiennych starego kościoła, po stronie prawej, figura św. Stefana (poniżej, w środku), oraz późnobarokowy konfesjonał z początku XVIII w. - w obejściu prezbiterium (poniżej, po prawej).
Najcenniejszym artystycznie obiektem kościoła pw. Św. Bartlomieja w Mogilanach jest główny ołtarz Chrystusa Ukrzyżowanego, w kształcie serca, stojący w centralnym punkcie prezbiterium. Jest to ołtarz drewniany, złocony, z grupą Ukrzyżowania: Pan Jezus wiszący na krzyżu z ok. 1700 r. oraz stojące po bokach posągi Matki Boskiej Bolesnej ze skrzyżowanymi na piersiach dłoniami i św. Jana Ewangelisty w pozie modlitewnej. Obie postacie mają głowy wzniesione ku górze - są to rzeźby wcześniejsze od ołtarza, z 1 poł. XVI w.
Ołtarz jest bogato zdobiony dekoracją z motywów roślinnych (winnej latorośli). W nią wkomponowane jest 7 postaci aniołów, trzymających rozwinięte banderole z ostatnimi słowami wypowiedzianymi przez Chrystusa na na krzyżu. Ta rzadka dekoracja wskazuje na powstanie ołtarza w krakowskim - prawdopodobnie - warsztacie, na przełomie XVII i XVIII w. Zaakcentowany motyw serca w tym ołtarzu mówi o związkach z kultem Cordis Jesu (Serca Jezusa), który rozwinął się we Francji w drugiej połowie XVII w., a w Polsce krzewili go Jezuici i wizytki, wspierani przez biskupów krakowskich.
Pan Jezus wiszący na Krzyżu z ok. 1700 r. w ołtarzu głównym, wraz z grupą ukrzyżowania (figury wcześniejsze)
Obszerna przestrzeń prezbiterium, mieszcząca ołtarz główny, zamknięta jest u góry rozświetloną dużymi oknami półkolistą ścianą, na której w latach 1954-1955 ceniony malarz Tadeusz Brzozowski wykonał techniką temperową polichromię. Przedstawia ona dwie sceny z Ewangelii: po stronie prawej "Cudowne rozmnożenie chleba i ryb", a po lewej "Ostatnią wieczerzę". Obie sceny namalowane są cienką kreską konturową, w bardzo ciepłej, pastelowej kolorystyce.
Wartym uwagi dopełnieniem malarskiego wyposażenia prezbiterium są stacje Drogi Krzyżowej z 1865 r., będące dziełem Tadeusza Konopki, zawieszone na ścianach obejścia prezbiterium.
Zdjęcie z Krzyża, XIII stacja Drogi Krzyżowej, dzieło Tadeusza Konopki z 1865 r.
Drugi boczny manierystyczny, kolumnowy ołtarz, w południowym transepcie, pw. Przemienienia Pańskiego, pochodzi z początku XVII w. Jest on dalekim refleksem wspaniałego rozwoju sztuki snycerskiej w Krakowie i Małopolsce tamtej doby. Jego główny obraz, Przemienienie Chrystusa, wzorowany jest na rzymskim dziele Rafaela z 1520 r., powstały w połowie XVIII w. pod wpływem analogicznego przedstawienia pędzla F. Ecksteina w krakowskim kościele Pijarów pw. Przemienienia Pańskiego. Ołtarz jest polichromowany i złocony, wieńczy go wizerunek Św. Walentego, a jego drugi obraz (z końca XIX w.), na zasuwie, przedstawia Św. Franciszka z Asyżu.
Ołtarz Przemienienia Pańskiego z początku XVII w.
W środkowej części ołtarzowego antependium widnieje emblemat franciszkański, ponieważ dawniej był to ołtarz Trzeciej Reguły Franciszkańskiej.
Po lewej stronie ołtarza stoi kamienna chrzcielnica o czworobocznej podstawie, ozdobionej rozetkami i liśćmi, z początku XVII w., a zatem z okresu fundacji i konsekracji pierwszej murowanej świątyni w Mogilanach. Reprezentuje ona typ chrzcielnic, które na przełomie XVI i XVII w. tworzono - prawdopodobnie - w pińczowskich warsztatach Santi Gucciego. Wiek i pochodzenie tego cennego obiektu dokumentują zapisy z parafialnej wizytacji w 1610 r.
Inne godne uwagi obiekty przedstawione zostały poniżej: (od lewej) rzeźba Św. Stanisława BM w południowym przedsionku, późnobarokowy kielich z 2. poł. XVIII w., rokokowa monstrancja promienista, obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem, XIX w.