W architekturze obecnego kościoła p.w. św. Bartłomieja Apostoła w Mogilanach zachowaną pamiątką po jednonawowej siedemnastowiecznej świątyni, wzniesionej przez Mikołaja z Trzcińca Borka, są mury nawy głównej wraz z kwadratową kaplicą p.w. św. Mikołaja Biskupa. Kościół został przebudowany w okresie międzywojennym (1929 r.) według projektu znanego krakowskiego architekta Franciszka Mączyńskiego, u którego plany zamówił ówczesny mogilański proboszcz ks. Józef Mazurek.
Stary kościół był zbyt mały na potrzeby parafii, toteż myślano o wybudowaniu większego, o trójnawowym korpusie. Ostatecznie jednak plany te nigdy nie zostały zrealizowane: na miejscu dawnego prezbiterium wzniesiono nowe, pomyślane z rozmachem, bo opatrzone wyniosłym transeptem. Zbudowano nawę poprzeczną wraz z olbrzymim obejściem (tzw. cele). Jasną bryłę kościoła nakryto spadzistym dachem z dwiema wieżyczkami. Ostateczny kształt świątyni ustaliła przebudowa w 1975 r. pod kierunkiem księdza proboszcza Józefa Żurawika, a wg projektu arch. Wandy Łopatowej - uporządkowano architektonicznie zachodnią część kościoła.
Bardzo charakterystyczną budowlą, którą wzniesiono ukośnie po prawej stronie przed wejściem świątyni jest, przyjęta za godło Mogilan, okazała neogotycka dzwonnica z 1850 r. Zbudowano ją na trójbocznym rzucie i opatrzono trzema schodkami szczytowymi. Najstarszym mogilańskim dzwonem jest dzwon z 1617 r., wiszący w zachodniej wieżyczce kościoła.
Dziś w dzwonnicy wiszą trzy dzwony: środkowy Jubileuszowy, odlany dla uczczenia 2000-lecia narodzin Jezusa Chrystusa i milenium biskupstwa krakowskiego (zdjęcie po prawej), oraz św. Bartłomiej i św. Józef.
W obszernym, pełnym światła wnętrzu mogilańskiej świątyni spotykamy obiekty będące odbiciem "złotych okresów" sztuki Krakowa: pónego gotyku, czasów manieryzmu, baroku, a także stylów historycznych XIX w. Wnętrze zawdzięcza ciepłą aurę słonecznemu światłu, które wpada przede wszystkim oknami nawy głównej, dwoma dużymi oknami w transepcie, w których umieszczone są witrażowe wyobrażenia: z lewej - Apostołów śś. Piotra i Pawła, a z prawej - świętej Rodziny.
Prezbiterium - widok z chóru muzycznego
Dodatkowo kościół rozświetlany jest dzięki siedmiu oknom półkolistej ściany prezbiterium. Znajduje się tu siedem witraży przedstawiających sceny Zmartwychwstania Pańskiego; witraże dolne przedstawiają Boga Ojca, Syna Bożego i Ducha świętego. Jest także witraż przedstawiający św. Bartłomieja pod chórem. Wszystkie witraże zaprojektował Maciej Kauczyński, a wykono je w pracowni Zbigniewa Gustaba w 1999 r.
W północnej części kościoła, po lewej stronie głównej nawy, znajduje się wejście do kwadratowej kaplicy p.w. św. Mikołaja Biskupa, która obok murów nawy głównej, podwyższonej w 1975 r., jest pozostałością wcześniejszego kościoła z XVII w. Jest to kaplica przykryta kopułą z latarnią, kryta gontem, reprezentująca małopolski typ kaplic kopułowych, bardzo popularnych od poł. XVI w., które wznoszono na podobieństwo mauzoleów (grobowców) ostatnich Jagiellonów i bpa Piotra Tomickiego w katedrze wawelskiej.
Na kopule widoczna jest polichromia pochodząca z 1882 r. Stojący w kaplicy ołtarz z 1 poł. XVIII w., malowany, częściowo złocony, mieści obraz Matki Bożej Częstochowskiej, a w zwieńczeniu wizerunek Św. Mikołaja biskupa w stroju pontyfikalnym. W części środkowej ołtarza, na tle wklęsłych pilastrów, stoją dwie osiemnastowieczne rzeźby: z lewej - figura Św. Jana Kantego, ubranego w togę, trzymającego księgę; natomiast z prawej - Św. Kazimierza królewicza w mitrze książęcej na głowie. Obie postacie zwrócone są ku obrazowi Matki Bożej Częstochowskiej, albowiem Św. Jan Kanty (kanonizowany w 1767 r.) oraz Św. Kazimierz (kanonizowany 1604 r.) byli znanymi czcicielami Bożej Rodzicielki. Boczną figurą jest stojąca po prawej stronie ołtarza drewniana rzeźba patrona kaplicy - Św. Mikołaja.
Środkowa część ołtarza w kaplicy Św. Mikołaja Biskupa